Shërbimi Sekret i Pakistanit, i njohur me shkurtesën ISI (nga anglishtja: Inter-Services Intelligence) llogaritet si një nga shërbimet sekrete më të fuqishme dhe më të rrezikshme në botë, bashkë me CIA-n amerikane dhe Mossad-in izraelit. Ky shërbim u bë i njohur në skenën ndërkombëtare në vitet e tetëdhjeta, kur u kishte dhënë përkrahje muxhahedinëve afganë kundër Bashkimit Sovjetik gjatë luftës në Afganistan.
Gjatë kësaj lufte, shërbimi ISI kishte bashkëpunuar ngushtë me Agjencinë Qendrore të Inteligjencës së Shteteve të Bashkuara (CIA) për t’i trajnuar dhe financuar muxhahedinët me fonde amerikane, pakistaneze dhe saudite. Asnjë agjent i shërbimit serkret të Pakistanit nuk u kap gjatë atij konflikti.
ISI kishte ofruar më vonë përkrahje strategjike dhe shërbime të inteligjencës për talibanët afganë kundër të ashtuquajturës Aleanca Veriore Afgane në luftën civile të viteve të nëntëdhjeta. Shërbimi sekret ISI përbëhet nga dhjetë departamente. Secili departament ka detyra specifike për grumbullimin e të dhënave të inteligjencës. Një nga këto departamente, i quajtur Drejtorati SS, merret vetëm me vëzhgimin e aktiviteteve të grupeve terroriste që veprojnë kundër shtetit të Pakistanit.
Përpos në Afganistan, dyshohet se shërbimi ISI i Pakistanit kishte zbatuar një program aktiv të inteligjencës ushtarake gjatë luftës në Bosnjë e Hercegovinë, nga viti 1992 deri më 1995. Besohet se ky shërbim i ka ofruar armë ushtrisë boshnjake, ndërsa kontigjenti boshnjak i ISI-së ishte organizuar me financimin e Arabisë Saudite. Kështu thotë historiani britanik, Mark Curtis.
Gjenerali pakistanez i asaj kohe, Javed Nasir, ka pranuar se pavarësisht embargos së armëve që Kombet e Bashkuara ia kishin vendosur Bosnjës, shërbimi sekret i Pakistanit, ISI, e kishte furnizuar ushtrinë boshnjake me armatim antitank dhe raketa.
Në vitin 2011, Tribunali Ndërkombëtar i Krimeve për Ish-Jugosllavinë kërkoi që ish-shefi i shërbimit sekret pakistanez të arrestohej për përkrahjen që ia kishte ofruar qeverisë boshnjake kundër forcave serbe. Sidoqoftë, qeveria pakistaneze kishte refuzuar që ta dorëzonte në këtë tribunal gjeneralin Nasir, duke u arsyetuar se ai ka shëndet të dobët.
